Для установки python-gdal в виртуальное окружение, необходимо установить gdal-bin. После этого выбираем нужное виртуальное окружение и устанавливаем gdal
pip install --no-install GDAL
python setup.py build_ext --include-dirs=/usr/include/gdal/Для того чтобы установить gdal не виртуальное окружение можно подлючить репозиторий ubuntugis и из него установить python-gdal:
$ sudo apt-add-repository ppa:ubuntugis/ubuntugis-unstable
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install python-gdal